El Ayuntamiento es el órgano de representación popular encargado del gobierno y la administración del municipio. El ayuntamiento se nombra por elección directa, en los términos establecidos por el Artículo 115 de la Constitución y la Ley Orgánica Municipal y dura en su cargo tres años.

El Ayuntamiento se integra por: el Presidente Municipal, Síndicos y Regidores.

Las funciones de los miembros del ayuntamiento son:

El Presidente Municipal es el encargado de llevar a la práctica las decisiones tomadas por el ayuntamiento y el responsable del buen funcionamiento de la administración pública municipal.

Los Síndicos son los encargados de defender los intereses municipales y de representar legalmente al Ayuntamiento en los litigios en los que éste fuere parte.

También son los responsables de supervisar la gestión de la hacienda pública municipal, todo ello en observancia al Código Municipal del Estado de Tamaulipas.

Los Regidores son los miembros del Ayuntamiento que tienen a su cargo las diversas comisiones de la administración pública municipal.

El Cabildo es la reunión de los integrantes del Ayuntamiento para el ejercicio de sus responsabilidades. Para el mejor desempeño de su trabajo , el cabildo funciona a traves de sesiones y comisiones.

La Administración Pública Municipal de Matamoros correspondiente al periodo 2008 al 2010 es encabezada por el Presidente Municipal: Ingeniero Erick Silva Santos quien fue elegido por el pueblo matamorense en la elección municipal celebrada en el mes de noviembre del año 2007.